Metroid Prime 4 : Beyond place l'expérience de jeu au centre de l'attention et s'appuie sur un mélange éprouvé d'exploration, de combats et d'amélioration continue des capacités du joueur. Au cours de l'aventure, le joueur incarne Samus Aran, équipée de son armure et d'une multitude de fonctions extensibles. Le monde du jeu est composé de vastes zones interconnectées, chacune offrant des thèmes et des défis variés. Chaque environnement est conçu pour inciter à l'exploration et ouvre progressivement de nouveaux accès grâce à de nouvelles compétences. Fidèle à la série, le principe dit « Metroidvania » lie le progrès au déverrouillage d'équipements et d'armes. Ainsi, les retours en arrière deviennent intéressants et des lieux familiers peuvent être réexplorés avec de nouvelles possibilités. Dans les combats, la précision et la tactique sont primordiales. Différents ennemis nécessitent l'utilisation de types d'armes ou de stratégies spécifiques, tandis que les combats de boss, en tant que moments forts, demandent une attention particulière et des réflexes aiguisés. En alternant habilement entre différents faisceaux, roquettes ou compétences de combat rapproché, le joueur peut adapter sa stratégie de manière flexible.