Dans un monde où les Kaijus menacent l'humanité, Kafka Hibino est toujours là pour gratter leurs restes boueux de la route. Car une chose est certaine, Kafka n'est pas un héros. Un peu trop vieux et un peu trop faible, il s'accroche néanmoins à son rêve de pouvoir enfin rejoindre le Corps de défense japonais. Son amie d'enfance, Mina, l'a fait, et ce serait bien drôle s'il ne pouvait pas, un jour, lui aussi, se débarrasser des Kaijus.