Te midden van een dreigende apocalyps vervagen de grenzen van ruimte en tijd: Na hun ontsnapping uit Aida's virtuele gevangenschap belandt het S.H.I.E.L.D.-team in een angstaanjagende toekomst, waar de laatste overlevende mensen lijden onder de sadistische heerschappij van de Kree. Om de mensheid, die op het punt staat volledig uitgeroeid te worden, te redden, moeten ze terug in de tijd reizen en voorkomen dat de profetie uitkomt en de aarde wordt vernietigd - en dat door een van hun eigen.