Tijdens een zeereis komt Link in een storm terecht, vergaat zijn schip en spoelt hij aan op het strand van het eiland Cocolint. Om naar huis terug te keren, moet hij uitdagende kerkers overwinnen en angstaanjagende monsters verslaan. De nieuwe versie van deze spelklassieker bevat veel elementen die de Game Boy-titel al onvergetelijk maakten, zoals de kamers in de stijl van een 2D-platformgame en de verschijningen van personages die eigenlijk niet tot de The Legend of Zelda-serie behoren.