In slechts drie dagen zal de maan vallen en het hele land vernietigen. Met behulp van de magische Ocarina of Time moet Link door de tijd reizen en dezelfde drie dagen steeds opnieuw beleven om de ramp te voorkomen en de wereld te redden. Je verkent elke hoek van Termina en betreedt angstaanjagende kerkers, verraderlijke bergketens, vervuilde moerassen, dorre steppen of een uitgestrekte oceaan om uiteindelijk de Horror Kid te stoppen. Terwijl je door de tijd reist, leer je de dagelijkse routines van de mensen die je ontmoet, verzamel je informatie en help je zoveel mogelijk mensen. Je kunt bijvoorbeeld een verloofd stel herenigen, nieuwe zaken vinden voor de ambitieuze Deku, gestolen voorwerpen opsporen en nog veel meer.

Op je reizen kun je verschillende maskers verzamelen. Sommige zijn puur decoratief, maar andere geven je praktische speciale krachten. Er zijn maskers waarmee je met dieren kunt praten, zo snel kunt rennen als een konijn of zelfs kunt transformeren in een compleet andere soort zoals een Deku, een Goron of een Zora om hun vaardigheden te gebruiken, zoals vliegen, rollen of zwemmen. Je moet elke minuut en elke vaardigheid die je tot je beschikking hebt gebruiken om de inwoners van Termina te helpen, Majora's Masker terug te vinden en de Horror Kid te stoppen. Met The Legend of Zelda: Majora's Mask 3D verschijnt een volledig herziene remake van de populaire Nintendo 64-klassieker voor de Nintendo 3DS en 2DS - met eigentijdse graphics en nieuwe functies.