De levensstroom is de basis van leven en dood – alles wat op de planeet geboren wordt, keert naar hem terug. Maar het Shinra-concern tapt de levensstroom van de planeet aan om energie en grote rijkdommen te winnen uit de als "Mako" bekende hulpbron. Na talloze, felle gevechten in de door Mako aangedreven metropool Midgar, gaan ex-SOLDAT Cloud Strife en zijn bondgenoten de wijde wereld in. Ze laten zich door Chocobos over grasvlaktes dragen en betreden een onzekere weg, die het begin is van hun noodlottige reis over de planeet. Tegelijkertijd loopt Rang-1-SOLDAT Zack Fair door de woestenij buiten Midgar. Gewond en uitgeput sleurt hij zijn pijnlijke lichaam vooruit, terwijl hij zijn vriend Cloud helpt, die door Mako-vergiftiging in delirium verkeert. Aan de andere kant van het dodenrijk scheurt een onheilspellende kloof de lucht. Ondertussen leidt de wutaianische overgangsregering de anti-Shinra-verbinding in een oorlogsverklaring. Personen in zwarte gewaden dragen in een sombere processie de resten van Jenova, het onheilspellende wezen uit de ruimte en de oorsprong van het lijden van de planeet. De angstaanjagende bewakers, bekend als Arma, voelen dat de planeet in gevaar is en rijzen op uit de levensstroom. Door de intriges van Clouds aartsvijand Sephiroth verweven de draden van het lot zich en worden herboren. Final Fantasy VII Rebirth is het langverwachte nieuwe verhaal van het Final Fantasy VII-remakeproject, een herinterpretatie van het legendarische originele spel in drie op zichzelf staande titels van de oorspronkelijke makers. In dit spel ervaren spelers gedurende het verhaal diverse nieuwe elementen, die culmineren in de reis van de groep naar de "Vergeten Stad" uit het oorspronkelijke Final Fantasy VII.