Voor adsorptieve filtratie, dus voor het verwijderen van chemische verontreinigingen zoals chloor en medicijnresten, zijn er speciaal behandelde koolstoffilters. Adsorptieve filtratie is normaal gesproken alleen nodig in de opstartfase van het aquarium of na het gebruik van medicijnen. De filterpatronen moeten in ieder geval slechts gedurende een beperkte periode van ongeveer 4 weken worden gebruikt en daarna worden verwijderd of vervangen.