Lors d'un voyage en mer, Link est pris dans une tempête, naufragé et échoué sur la plage de l'île de Cocolint. Pour rentrer chez lui, il doit maîtriser des donjons difficiles et vaincre des monstres redoutables.

La nouvelle version du jeu classique reprend de nombreux éléments qui ont déjà rendu le titre du Game Boy unique - comme les salles dans le style d'un jeu de plateforme 2D ou l'apparition de personnages qui n'appartiennent pas à la série The Legend of Zelda.