Kai, Cole, Lloyd et Nya ont suivi Jay dans le jeu vidéo "Prime Empire" et tentent maintenant de surmonter un niveau après l'autre. Leur objectif est de trouver Unagami, de le vaincre et de libérer les habitants de Ninjago. Cependant, il s'avère qu'Unagami n'est pas Milton Mayer, mais qu'il a pris la mission de Mayer au pied de la lettre en offrant une expérience de jeu "réelle". De plus, il est en colère d'avoir été simplement abandonné par Mayer, sans aucune explication. Pour que Unagami puisse atteindre Ninjago, le mécanicien construit un portail qui relie le monde du jeu à Ninjago. Nos héros parviendront-ils à contrecarrer les plans malveillants d'Unagami et du mécanicien ?.