Een duistere macht heeft een oorlog ontketend tussen twee groepen Yo-kai: de beenderige geesten en de krachtige zielen. Als gevolg hiervan zinkt de hele wereld in chaos. Nathan en zijn vrienden moeten door de tijd reizen om erachter te komen wie er achter het duistere complot zit. Zou het iets met deze twee vreemde Yo-kai te maken kunnen hebben? Maak vrienden met meer dan 350 geweldige en terugkerende Yo-kai, die allemaal een unieke persoonlijkheid hebben. Reis met de trein naar geweldige steden waar fantastische Yo-kai op je wachten. Werk samen met een heroïsche kat genaamd Hovernyan en reis terug in de tijd om Lenzhausen te redden en meer te leren over de oorsprong van de Yo-kai Watch. Mysterieuse Yo-kai kunnen cool, schattig of griezelig zijn - en meestal zijn ze ook nog eens echte schavuiten. Ze leven voor de meeste mensen onzichtbaar in de wereld en zorgen voor allerlei problemen. Je ziet ze niet, maar ze zijn overal: onder auto’s, achter automaten en zelfs in rivieren. Met de kracht van de Yo-kai Watch kun je deze onzichtbare onruststokers opsporen. Misschien maak je zelfs vrienden met hen. Er zijn meer dan 350 Yo-kai, waarvan elk een unieke persoonlijkheid heeft. Daaronder zijn ook 100 gloednieuwe Yo-kai, waarvan sommige zich alleen in een van de versies met jou kunnen vriendschapsbanden. Nu is er een Yo-kai Watch - het model nul. Deze geüpgradede versie van je betrouwbare Yo-kai Watch biedt geweldige functies zoals de krachtige techniek M-Kracht en de mogelijkheid om vijandige Yo-kai in de strijd te porren. Voor het eerst kun je nu met vrienden via het internet vechten. Bovendien kunnen jullie Yo-kai-medailles ruilen en samenkomen voor een coöperatieve multiplayer-sessie in de modus "Yo-kai Watch Blasters" via een lokaal spel. Daag vrienden uit in een lokaal spel of - voor het eerst in de serie - via een internetverbinding voor een gevecht. Verdien punten die je kunt inwisselen voor items in het spel.