In deze Harry Potter-editie van Cluedo is er een leerling van de Hogwarts School voor Hekserij en Hocus-Pocus verdwenen. Wie kan de mysterieuze verdwijning oplossen? De kinderen spelen als Harry, Ron, Hermelien, Ginny, Luna of Neville en proberen te achterhalen wie het gedaan heeft, welke spreuk of voorwerp is gebruikt en waar de daad heeft plaatsgevonden. Harry Potter-fans zullen de Uilerei, de Bekerzaal en andere locaties uit de Wizarding World herkennen op het Hogwarts-spelbord. Wanneer het huiswapen op de Hogwarts-dobbelsteen wordt gegooid, kan een rad op het spelbord een stuk gedraaid worden. Hierdoor worden geheime doorgangen en deuren onthuld, of verschijnt het Duistere Merkteken. De spelers bewegen van plaats naar plaats in Hogwarts en beperken daarbij de mogelijkheden, terwijl andere spelers hun kaarten tonen. Zodra iemand denkt de zaak opgelost te hebben, gaat hij naar Dumbledore's kantoor om aanklacht in te dienen. Als deze correct is, wint hij het spel.